این عنصر در آب های سطحی به اشکال اکسید 2 ظرفیتی یا 3 ظرفیتی وجود دارد. اثرات آهن در آب های کم دما ، باکتری های ته نشین کننده آهن به میزان زیادی روی آبشش ها تکثیر یافته و به اکسیداسیون آهن 2 ظرفیتی کمک کرده و کلونیهای رشته ای آنها آبششها را می پوشاند. ابتدا آبشش ها بی رنگ ولی بعداً آهن باعث قهوه ای شدن کلونیهای رشته ای می شود. اثرات آهن  بصورت ترکیبات رسوب یافته و رشته های باکتری های ترسیم کننده آن سطح مفید تنفسی آبشش ها را کاهش داده باعث آسیب به اپیتلیوم تنفسی و شوک در ماهیان میشود.

حد مجاز آهن برای کپور معمولی کمتر از2/0 و برای قزل آلا کمتر از 1/0 میلی گرم در لیتر است .اگرچه اثرات سمی آهن و نمک های آن به ندرت رخ میدهد. اثرات آهن در مجاورت طولانی ماهی در آب هایی که به مقدار ضعیفی بافر بوده و pH آنها پایین است کشنده است.  همانطور که ذکر شده تأثیرات غیر مستقیم سمی آهن به طور عمده محدود به رسوب هیدروکسید فریک و یا اکسید فریک در روی آبشش ماهی میباشد.
اثرات آهن بصورت رسوب هیدروکسید فریک بر روی تخم های نیز باعث خفگی و مرگ و میر جنین میشود. دلیل عمده تلفات ناشی از رسوب هیدروکسید فریک بر روی آبشش ماهی به دلیل ممانعت از جا به جایی اکسیژن و یا در تخم های چشم زده به دلیل ممانعت از ورود اکسیژن از طریق پرده کوریون جنین به داخل تخم است. برخی عامل اصلی صدمات ناشی از آهن را رسوب ترکیبات این عنصر برروی آبشش می دانند. آنها معتقند که این رسوب باعث ایجاد مناطق نکروتیک بر روی آبشش ماهی قزل آلای جوان می شود.
 به طور کلی می توان ابراز نمود آبهایی که واجد ترکیبات آهن قابل رسوب هستند معمولاً دارای اکسیژن محلول کم، مقدار زیادی دی اکسید کربن و pH کمتر از 7 می باشند هوادهی این آب ها باعث کاهش دی اکسید کربن و افزایش اکسیژن محلول می گردد و اجازه میدهد که آهن به طرف بستر استخر رسوب نماید.

طی تحقیقات انجام شد میزان تجمع آهن در کبد، آبشش و عضله بصورت زیر است.
1. به جز سرب بیشترین میزان از هر فلز ابتدا در کبد، سپس در آبشش و بعد در عضله بوده است. ( از مصرف کبد آبشش ماهی خود داری کنید)
 2. آهن ، روی و مس بیشترین فراوانی و کادمیوم و سرب کمترین فراوانی را در بافتهای مختلف داشتند.
3. تغییرات فصلی نیز در میزان فلزات مشخص شد ولی به طور کلی بیشترین میزان برای تمام  فلزات در بافت های مختلف هر دو گونه ماهی در تابستان مشاهده شد
حداکثر میزان آهن در عضلات ماهی که در جدول ترکیبات مواد غذایی انستیتو تحقیقات تغذیه ای و صنایع غذایی کشور پیشنهادشده 8 میلی گرم در کیلو گرم میباشد.
 - حداکثر میزان آهن پیشنهاد شده در آب مورد استفاده قزل آلاکه 100 میکرو گرم بر لیتر است .
-حداکثر میزان آهن پیشنهاد شده در آب مورد استفاده آزاد ماهیان 1/0 میلی گرم بر لیتر است.

شایع ترین شکل اثرات آهن بصورت مسمومیت به صورت خوراکی است. به طور طبیعی بدن به4 تا5 گرم آهن نیاز دارد که در نسوج مختلف توزیع شده است. حدود 10 تا 20 درصد از آهن خورده شده از سلول های مخاطی به صورت آهن دو ظرفیتی جذب می شود. دفع آهن از بدن محدود به 1 تا 2 میلی گرم در روز از طریق خون قاعدگی و دستگاه گوارش است. بدن توانایی دفع آهن را بیشتر از 2 میلی گرم در روز نداد. از این رو مصرف بیش از حد آهن موجب تجمع آهن در اعضای هدف میگردد. و اصولاً خوردن بیش از 30 میلی گرم بر کیلوگرم آهن موجب مسمومیت و بیش از 250 تا 300 میلی گرم بر کیلوگرم آن موجب مرگ می شود.

1. گشاد شدن پس شریانچه ای
2.افزایش نفوذپذیری مویرگ ها به علت اثر مستقیم آهن
3.اسیدوز به دلیل آزاد شدن یو نهای هیدروژن
4. آسیب میتوکندری به خصوص در سلول های کبد.